A higienização do ar-condicionado é um processo mais profundo do que a limpeza. Esse processo também pode ser chamado de sanitização e/ou desinfecção, e é um dos métodos mais eficazes para manter a saúde das pessoas que usufruem deste aparelho. Mas como dissemos acima, tanto a limpeza quanto a higienização devem ser feitas periodicamente. O mais recomendado é que limpe primeiro o aparelho, retirando as sujeiras mais visíveis e depois, o higienize para eliminar os micro-organismos que apenas processos mais intensos conseguem.

Esse passo é responsável por eliminar microrganismos vivos, como ácaros, fungos e bactérias que vivem no ar e são trazidos ao ar-condicionado pela poluição, principalmente das grandes cidades. São justamente estes microrganismos que podem causar doenças e alergias respiratórias. A higienização é feita com o auxílio de máquinas e nesse processo são usados produtos mais potentes, e por isso deve ser feita por um especialista.